ESO inrättades 1981 som en självständig tankesmedja under Finansdepartementet, med uppdraget att formulera och söka svar på frågor av stor betydelse för den offentliga ekonomin. Verksamheten lades ner i juni 2003, för att återinrättas i december 2007. Sammantaget har över 190 rapporter publicerats i ESO:s skriftserier.

I samband med ESO:s nedläggning inrättades en ny kommitté med inriktning på miljöstudier, Expertgruppen för miljöstudier (EMS), som var verksam mellan åren 2004-2012. Under 2004 bildades också en intern arbetsgrupp inom Finansdepartementet, kallad Expertgruppen för studier i samhällsekonomi (ESS), med uppgifter som liknade ESO:s tidigare uppdrag även om det politiska oberoendet inte särskilt markerades. Arbetsgruppen upphörde sommaren 2007 efter ha gett ut totalt 11 rapporter.